Το οστέωμα είναι καλοήθης μονήρης ή πολυεστιακή αύξηση του οστού του κρανίου η οποία μπορεί να γίνει επώδυνη καθώς μεγαλώνει. Συνήθως αναπτύσσεται πολύ αργά και εκδηλώνεται με επίμονο, ποικίλης έντασης πόνο στο κρανίο, πριν αρχίσει να μεγαλώνει εξωτερικά.  Το οστεοειδές οστέωμα συνήθως αφαιρείται χειρουργικά για να αποφευχθεί η περαιτέρω ανάπτυξή του. Παρότι η αφαίρεση του δεν αποτελεί ιδιαίτερα απαιτητική επέμβαση, απαιτεί εξειδικευμένο νευροχειρουργό λόγο υψηλής πιθανότητας υποτροπής.

Η Ιστιοκυττάρωση Langerhans ή ηωσινόφιλο κοκκίωμα αναπτύσσεται σε οποιοδήποτε οστό αλλά συχνά αφορά τα οστά του κρανίου, της γνάθου και της σπονδυλικής στήλης. Προκαλεί οστική αλλοίωση, καταστροφή του φλοιού και των παρακείμενων μαλακών μορίων. Οι αλλοιώσεις είναι συχνά μονήρεις αλλά μπορεί να είναι και πολλαπλές. Το συχνότερο σύμπτωμα είναι η εμφάνιση μιας ευαίσθητης μάζας του κρανίου που μεγαλώνει σταδιακά. Το ηωσινόφιλο κοκκίωμα θεωρείται τύπος εντοπισμένης ιστιοκυττάρωσης του Langerhans. Παρότι συνήθως καλοήθης, οι ιστοκυτταρώσεις μπορεί να οδηγήσουν σε κακοήθεια (μονοκυτταρική λευχαιμία, κακοήθης ιστιοκυττάρωση και ιστιοκυτταρικό σάρκωμα). Έτσι, συχνά οι μονήρεις βλάβες δεν απαιτούν θεραπεία παρά μόνο αν προκαλούν συμπτώματα. Η θεραπεία περιλαμβάνει απόξεση με/ή χωρίς οστικά μοσχεύματα. Οι πολλαπλές κρανιακές βλάβες ενδέχεται να χρειαστεί να αντιμετωπιστούν με χημειοθεραπεία και/ή χαμηλής δόσης ακτινοθεραπεία.

Η ινώδης δυσπλασία είναι συγγενές, μη κληρονομικό, σκελετικό μη-κακοήθες νόσημα. Το μυελώδες οστό αντικαθίσταται από ινώδη συνδετικό ιστό και αποτελεί περίπου το 10% όλων των καλοηθών παθήσεων των οστών. Σε πολύ μικρό ποσοστό μια προσβεβλημένη οστική περιοχή μπορεί να εξαλλαχθεί  σε σάρκωμα. Μπορεί να είναι ασυμπτωματικό και να διαγνωστεί τυχαία αλλά μπορεί και να προκαλεί αισθητικά προβλήματα ασυμμετρίας προσώπου, τοπικό πόνο ή ευαισθησία, σύνδρομα συμπίεσης κρανιακών νεύρων (νευραλγία τριδύμου, πάρεση προσωπικού νεύρου), απώλεια ακοής και πολύ σπάνια εξόφθαλμο και απώλεια όρασης. Είναι συνήθως σταθερή ή βραδέως αναπτυσσόμενη πάθηση και η πρωταρχική αντιμετώπιση είναι η παρακολούθηση με απεικονιστικές μεθοδους. Μονήρεις βλάβες αντιμετωπίζονται από εξειδικευμένο νευροχειρουργό με σκοπό την αποσυμπίεση των παγιδευμένων κρανιακών νεύρων.