Οι όγκοι της βάσης του κρανίου και της υπόφυσης μπορεί να είναι είτε καλοήθεις είτε κακοήθεις και προέρχονται από τα οστά του κρανίου, τους ενδοκράνιους ιστούς (υπόφυση, μήνιγγες, νευρικός ιστός) ή τους εξωκράνιους ιστούς (ρινική κοιλότητα, ρινοφάρυγγας, παραρρίνιοι κόλποι). Προσπέλαση στους όγκους της μέσης και οπίσθιας κρανιακής βάσης για βιοψία ή αφαίρεση μπορεί να γίνει και  μέσω της ρινικής οδού (διασφηνοειδική προσπέλαση) ή με άλλες μικροχειρουργικές προσπελάσεις διακρανιακά. Σε κάθε περίπτωση η αφαίρεση των όγκων αυτών και η ανακατασκευή της βάσης του κρανίου αποτελεί απόλυτα εξειδικευμένη χειρουργική διαδικασία. Μεταξύ των όγκων αυτών συγκαταλέγονται:

• Αδένωμα της υπόφυσης: Καλοήθης όγκος βραδείας εξέλιξης που μπορεί να διηθήσει τη βάση του κρανίου, να περιβρογχίσει τις έσω καρωτίδες και να πιέσει τα νεύρα των μυών των ματιών αλλά και τα οπτικά νεύρα. Το αδένωμα της υπόφυσης προκαλείται από την ανεξέλεγκτη ανάπτυξη κυττάρων της υπόφυσης, που διατηρούν τις λειτουργίες τους και παράγουν ανεξέλεγκτες ποσότητες ορμονών οδηγώντας σε σοβαρές ορμονικές διαταραχές.
• Κρανιοφαρυγγίωμα: Σπάνιος καλοήθης, συμπαγής ή/και κυστικός επιθηλιακός όγκος στην περιοχή του εφιππίου και της υπόφυσης. Αποτελεί όγκο από εμβρυικά κύτταρα και εμφανίζεται συχνότερα στα παιδιά και στους άνω των 50 ετών. Είναι όγκος βραδείας ανάπτυξης ο οποίος μεγαλώνοντας επηρεάζει τη λειτουργία της υπόφυσης και μπορεί να προκαλέσει σοβαρά συμπτώματα όπως πονοκέφαλο, ναυτία-έμετο, διαταραχές όρασης, ορμονικές διαταραχές, ανορεξία, ανεπάρκεια αυξητικής ορμόνης, διαταραχές διάθεσης ή συμπεριφοράς, πολυδιψία και πολυουρία ενώ οι μεγάλοι όγκοι μπορεί να προκαλέσουν και υδροκέφαλο.
• Μηνιγγίωμα: Είναι οι πιο συχνοί ενδοκρανιακοί όγκοι  οι οποίοι είναι συνήθως καλοήθεις και αναπτύσσονται από τις μήνιγγες, ενώ είναι συχνότεροι στις γυναίκες. Σε μεγάλο ποσοστό παραμένουν σταθερά σε μέγεθος κατά την παρακολούθησή τους σε βάθος 3 ετών. Η ακτινοβολία είναι ο μόνος αποδεδειγμένος εξωγενής παράγοντας κινδύνου για τη δημιουργία τους καθώς άτομα που έχουν δεχτεί ακτινοθεραπείες στη παιδική ηλικίας έχουν αυξημένο κίνδυνο για μηνιγγίωμα. Αναλόγως της θέσης ή του μεγέθους τους μπορεί να παραμένουν  ασυμπτωματικά ή να προκαλέσουν συμπτώματα όπως επιληπτικές κρίσεις, διαταραχές όρασης, όσφρησης, ακοής, απώλεια μνήμης, αδυναμία συγκέντρωσης, απάθεια, διαταραχές κινητικότητας ή αισθητικότητας των άκρων, προβλήματα ισορροπίας και συντονισμού, επίμονους πονοκεφάλους, ναυτία, εμέτους. Στη περίπτωση που παρεμποδίζουν τη φυσιολογική κυκλοφορία του ΕΝΥ μπορεί να προκαλέσουν και υδροκέφαλο.
• Ακουστικό Νευρίνωμα ή αιθουσαίο σβάννωμα: Σπάνιος όγκος του αιθουσαίου (της ισορροπίας) νεύρου, συνήθως καλοήθης. Εμφανίζεται σε όλες τις ηλικίες αλλά συχνότερα στους ηλικιωμένους ή σε άτομα που στη παιδική ηλικία δέχτηκαν ακτινοβολία στο κρανίο για την αντιμετώπιση κάποιας νεοπλασίας. Το κύριο σύμπτωμά του είναι ότι προκαλεί απώλεια ακοής και διαταραχές ισορροπίας ενώ σε προχωρημένο στάδιο μπορεί να προκαλέσει βλάβη στο προσωπικό νεύρο, αδυναμία των μυών του προσώπου στην πάσχουσα πλευρά και πίεση στο στέλεχος του εγκεφάλου με αδυναμία της μισής πλευράς του σώματος.

Η αντιμετώπιση των όγκων της βάσης του κρανίου και της υπόφυσης αποφασίζεται αναλόγως του είδους, του μεγέθους, της θέσης, των συμπτωμάτων που προκαλεί και της συνολικής κλινικής εικόνας του ασθενή. Συνεπώς, ένας κακοήθης όγκος ή ένα όγκος που προκαλεί έντονα ορμονικά ή νευρολογικά προβλήματα πρέπει να αφαιρεθεί ενώ ένας ασυμπτωματικός, βραδείας εξέλιξης όγκος μπορεί να παρακολουθείται για χρόνια χωρίς να προκαλεί προβλήματα.